Η πιο διαδεδομένη άποψη, είναι από την Μαργαρίτα της Σαβοΐας, συζύγου του βασιλιά Ουβέρτου Α' της Ιταλίας. Το 1889 επισκέφθηκαν μαζί τη Νάπολη και πήγαν να φάνε στο πιο γνωστό εστιατόριο, την πιτσαρία Brandi.

Εκεί εργαζόταν ο πιο διάσημος σεφ της εποχής, Ραφαέλε Εσποζίτο, και έκανε ότι περνούσε από το χέρι του για να τους εντυπωσιάσει. Δημιούργησε την Πίτσα Μαργαρίτα και την αφιέρωσε στην βασίλισσα.

Μία άλλη θεωρία θέλει το αγαπημένο έδεσμα να πήρε το όνομά του από το λουλούδι, λόγω του σχήματός του.